Se você configurou o Setup de sua máquina para usar GPT, seu pendrive também provavelmente terá que ter tabela de partição GPT.
Se tiver configurado o Setup como BIOS, você terá que usar tabela de partição MSDOS no pendrive
Use o GParted para criar uma tabela de partição adequada no seu pendrive.
Utilize o programa Startup Disk Creator. Já se encontra no repositório do Ubuntu / Kubuntu.
Teoricamente, basta criar o pendrive usando a tabela de partição adequada (como informado acima) e formatar como FAT32 ou NTFS. Note que as versões mais recentes do Windows 10 excedem o limite de 4GB do FAT32. Eu usei NTFS com sucesso, mas com o WoeUSB para instalar. Em tese, basta montar ou abrir o arquivo .ISO de imagem do disco de instalação e copiar tudo para o pendrive.
A maneira mais fácil é utilizar o WoeUSB. Você provavelmente terá que adicionar o PPA se sua distro for da família *buntu.